NeuroLibre a vu le jour comme serveur de prépublications pour des objets de recherche interactifs en neurosciences, en s’appuyant sur la technologie Jupyter Book pour transformer des PDF statiques en objets vivants qui intègrent données, code et visualisations interactives. C’est aujourd’hui une plateforme de publication reproductible en production, qui a publié 21 articles. La plateforme qui lui succède, Evidence, étend ce modèle à l’ensemble des sciences et est en version bêta publique. Dès ses premières versions, NeuroLibre a contribué à convaincre les éditeurs scientifiques de la nécessité d’aller au-delà du PDF.
Voici six collaborations menées avec des éditeurs scientifiques au cours des premières années de NeuroLibre. Elles illustrent notre vision d’objets de recherche vivants, qui permettent aux lecteurs d’interagir avec le contenu et qui encouragent les scientifiques à reproduire les travaux les uns des autres.
1. La toute première soumission à NeuroLibre
La toute première soumission à NeuroLibre était un billet de blogue sur l’imagerie par résonance magnétique quantitative (IRMq), rédigé par notre développeur logiciel, Mathieu Boudreau. Ce billet, qui comprenait des exemples de code et des visualisations interactives réalisées avec Plot.ly, a reçu un prix de l’International Society for Magnetic Resonance in Medicine (ISMRM) pour l’enseignement de l’IRM dans les pays en développement. Il a ensuite été retenu par Elsevier pour son ouvrage sur l’IRMq. Le chapitre est publié sous licence Creative Commons, ce qui permet de diffuser le texte, le code et les données qui l’accompagnent.
2. Une prépublication NeuroLibre publiée dans eLife
En 2020, nous avons soumis à eLife une méta-analyse sur l’imagerie de la myéline par IRM. La méta-analyse a d’abord été diffusée comme prépublication sur NeuroLibre, et un lien vers cette prépublication figure dans le résumé de l’article d’eLife. Stencila, partenaire d’eLife, a converti la prépublication en article de recherche exécutable (executable research article, ERA), et l’article a été offert en format conventionnel et en format exécutable. À l’époque, l’article NeuroLibre était l’un des dix seuls ERA publiés par eLife. Le gabarit de la méta-analyse est offert librement, afin que d’autres chercheurs puissent rendre leurs revues systématiques interactives.
3. Une collaboration avec PLOS qui dépasse les neurosciences
En 2019, nous avons publié sur le blogue de PLOS un billet intitulé « The Canadian Open Neuroscience Platform: Catching Up to Plan S and Going Further ». Ce billet a mené à une collaboration dans le cadre de laquelle une équipe d’ingénieurs de Macédoine du Nord (la Notebook Factory) a produit deux objets de recherche NeuroLibre (exemple 1 et exemple 2) pour la revue PLOS Computational Biology. Ces livres Jupyter ont donné lieu à un sondage de PLOS visant à encourager le partage de code, ainsi qu’à un éditorial de PLOS Computational Biology signé par Mathieu Boudreau, développeur de la PCNO. Cette collaboration a ouvert la voie à des partenariats avec d’autres disciplines à forte intensité de calcul.
4. MR Pub, un dépôt de type NeuroLibre pour l’imagerie par résonance magnétique
Encouragés par l’accueil de PLOS, nous avons proposé à la revue Magnetic Resonance in Medicine (MRM, publiée par Wiley) de créer des objets de recherche de type NeuroLibre à partir d’articles de MRM qui partagent leur code et leurs données. Réalisés par l’équipe de la Notebook Factory, ces objets ont servi à lancer MR Pub, géré par le groupe sur la recherche reproductible de l’ISMRM. Un concours a ensuite permis à des chercheurs de l’ISMRM de proposer d’autres objets de recherche interactifs, dont plusieurs au format Jupyter Book, compatible avec NeuroLibre.
5. MRM Highlights, un blogue pour promouvoir les objets de recherche reproductibles
La collaboration avec MRM s’est poursuivie avec le blogue MRM Highlights, lancé par Nikola Stikov, cofondateur de NeuroLibre, puis dirigé par Mathieu Boudreau. Le blogue met en valeur des articles de MRM qui favorisent la recherche reproductible et publie leurs points saillants. Soutenu par la PCNO et le Réseau de bio-imagerie du Québec, son contenu est publié chaque année par Wiley sous forme de magazine. Produit par une équipe de bénévoles, il rejoint les chercheurs dans les médias sociaux et lors d’événements comme la soirée annuelle des Highlights de l’ISMRM, et constitue un outil important pour bâtir la communauté autour de la publication reproductible.
6. Un partenariat avec Aperture Neuro, la plateforme de publication de l’Organization for Human Brain Mapping
NeuroLibre s’est associée à Aperture Neuro, la revue indépendante de l’Organization for Human Brain Mapping (OHBM), qui prévoyait de publier des articles NeuroLibre en mode superposé (overlay), en hébergeant le contenu directement sur les serveurs de NeuroLibre (ce billet annonçait le partenariat). En 2025, Aperture Neuro a publié, dans un numéro spécial sur la communication scientifique, une revue de l’infrastructure qui sous-tend NeuroLibre.
Aujourd’hui
Ces premières collaborations ont semé les graines de NeuroLibre chez des éditeurs aussi variés qu’Elsevier, eLife, Wiley, PLOS et Aperture Neuro. Depuis, NeuroLibre est passée en pleine production sur le nuage Arbutus de l’Alliance de recherche numérique du Canada. Des revues ouvertes, comme le Journal of Open Source Software, examinent la sécurité de la plateforme dans le cadre de leur propre vérification diligente, et l’équipe participe aux travaux de la Continuous Science Foundation et d’openRxiv sur l’Open Exchange Architecture, une norme commune qui permet de faire circuler les articles scientifiques, avec leurs données et leur code, entre les outils de rédaction et de publication.